Kouta visszatér a városba, ahol gyermekként élt, mivel itt kezdi el a főiskolát. Unokatestvére, Yuka nagy örömmel fogadja érkezését, mert legutoljára gyerekként látták egymást. Elválásuk után Kouta-val titokzatos szörnyű dolog törént, melyben tragikus körülmények között elvesztete a testvérét és az apját, majd a sokkhatás miatt elfelejtett mindent az esetről.
Nem sokkal a viszontlátás után egy közös tengerparti séta során Yuka és Kouta egy lányt találnak a parton. A lány ruha nélkül van, láthatóan védtelen, és beszélni sem tud. Ezen kívül a fején két kis szarv található. Magukkal viszik a furcsa lányt a házukba, és mivel egy értelmes szót sem tud mondani, csak annyit, hogy "nyuu", ezért így nevezik el. Mint később kiderül, a különös vendég közel sem olyan ártatlan, aminek látszik, és egy egész katonai szervezet van a nyomában.
Hogy tulajdonképpen miről is szól ez az egész anime? Röviden: Erőszak, brutalitás, és ecchi. Semmi több, sajnos.

 A történet alapja röviden annyi lenne, hogy a "diclonius"-nak nevezett faj jelent meg a földön, melynek képviselői szinte teljesen emberiek, ám szarvaik vannak, és láthatatlan karjaik, melyek a hátukból nőnek ki. A diclonius-ok meglehetősen brutális módon próbálnak elterjedni a Földön: A férfiakat "megfertőzve" szaporítják magukat, és a közönséges embereket könnyedén húspéppé változtatják a láthatatlan karok segítségével.
Emiatt a veszedelmes erő miatt egy szervezet a dicloniusokat még születésük után megöli, illetve elfogja őket, és laboratóriumukban kísérletezésnek vetik alá őket. Nyuu, vagy valódi nevén Lucy is egy ilyen diclonius, aki megszökött a szervezettől, de kettős személyiségének köszönhetően Yuka és Kouta mégsincsenek veszélyben, ugyanis Lucy normál esetben úgy viselkedik, mint egy kisgyerek, és teljesen ártalmatlan.
Később a képbe kerül a szervezet egy másik dicloniusa, Nana is, akit főhőseink szintén befogadnak, illetve egy otthonról elszökött kislány, Mayu-chan.
És szépen lassan fény derül a szervezet ügyeire, és Nyuu, Nana, és Kouta múltjára is.